马的毛色通常是作为马形体美学的一个外在因素而存在,毛色也可以作为血统注册的一个指标,不过很多人可能会忽略掉毛色对健康也有一定的预测作用。马的毛色花纹是由红,黑和褐色这三种基本颜色混合而成。毛色的表达是受两个基因的控制,分别是延展基因(Extension, E 基因)和Agouti基因(A基因)。E 基因决定了是否黑色会被表达,而A基因决定了黑色素表达的部位。有些马是全身都是黑色的而有些只是在腿,尾巴或是鬃毛的部位有一点黑斑。所有的褐色和黑色的马至少有一条E基因位点。而栗色的操控是属于隐性基因,所以必须有两条e基因位点才行。